MÉTODO DE OTIMIZAÇÃO DE UMA SEQUÊNCIA NUCLEOTÍDICA PARA EXPRESSÃO EM UM ORGANISMO ALVO

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Abstract

MODELOS COMPUTACIONAIS PARA DESENHO DE GENE SINTÉTICOA presente invenção é delineada por métodos para desenhar sequências nucleotídicas sintéticas que codificam polipeptídeos de interesse. Os métodos envolvem a organização de um banco de dados de sequências como grupo de sequências de oligômero de N-comprimento e a compilação de uma lista de escores de probabilidade para cada sequência de N-comprimento. Os escores de probabilidade são usados para substituir uma ou mais sequências de escore mais alto na sequência nucleotídica parenta! para gerar uma sequência otimizada. A sequência nucleotídica de interesse pode ser ainda otimizada pela remoção tanto das regiões de leitura abertas não intencionais como de elementos de DNA curtos indesejados, e/ou substituição de sequências de oligômero para alcançar um conteúdo G:C específico. Estes métodos podem ser usados para otimizar a expressão de genes heterólogos em qualquer organismo, particularmente em plantas. O método gera sequências sintéticas com uma composição similar àquela de um banco de dados alvo. Estas sequências sintéticas podem ser usadas, por exemplo, para regular a atividade pesticida ou a resistência à herbicida em organismos, particularmente plantas ou células vegetais.