ACELERADOR DE HARDWARE PARA ALINHAMENTO DE CADEIAS DE DNA E PROTEÍNAS

IPC Classification

Abstract

ACELERADOR DE HARDWARE PARA ALINHAMENTO DE CADEIAS DE DNA E PROTEÍNAS. Esta invenção trata de um acelerador de hardware parametrizável para processamento de alto desempenho de alinhamentos de cadeias de DNA e proteínas. Este acelerador foi construído para suportar, tanto alinhamentos locais, quanto globais ótimos de sequências de DNA e cadeias de proteínas. O sistema se comunica com um computador Host, pelo qual o usuário envia os comandos. O acelerador processa os dados em memória local e retorne ao usuário a resposta. O acelerador se adapta para diversos parâmetros como: tamanho das cadeias de entrada, custos para obter o melhor desempenho e otimizar a quantidade de recursos utilizados )memória interna, lógica, banda de memória). Todo processamento é feito embarcado no acelerador construído, tanto a parte de geração dos scores (estágio forward) quanto o trocebock.